Die Musikkommission der Stadtmusik Illnau-Effretikon ist zuständig für die Zusammenstellung des musikalischen Repertoires. Sie sucht Werke aus, mit dem Ziel die Zuhörer sowie die Mitspieler gleichermaßen zu begeistern. Um dies erfolgreich erfüllen zu können, sind die Mitglieder der MUKO bestrebt die Bedürfnisse des Vereins und des Publikums zu erfassen.

Der Unterhalt des Notenarchivs gehört zu den Aufgaben der MUKO wie das erstellen der Probepläne.
Die Musikkommission setzt sich zusammen aus dem Kommissionspräsidium, Aktivmitgliedern, der musikalischen Leitung sowie derer Stellvertretung.

Einzelne Aufgaben wie das bereitstellen der Noten für die Musikanten, das Informieren des Vereines über Bevorstehendes und anderes mehr, werden durch die einzelnen Mitglieder der Musikkommission wahrgenommen.